吉林市船营区纪委监委组织机构包括：内设职能部门、直属单位和派驻纪检监察组。
内设职能部门具体为：办公室、组织部、宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第七纪检监察室、案件审理室、机关党总支。
另外设有吉林市船营区廉政教育中心直属单位。设有吉林市船营区纪委监委派驻纪检监察组。
内设机构及职责简介
办公室。负责机关日常运转工作；负责区纪委区监委重要会议、活动的筹备组织；组织起草区纪委区监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署落实情况；负责委机关和区委巡察机构财务管理、国有资产管理、房管基建工作；负责委机关及派驻（派出）机构涉案款物管理工作。
组织部（纪检监察干部监督室）。负责全区纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；根据干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导纪检监察系统干部教育培训工作等。
负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
宣传部。负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责区纪委区监委的新闻事务和有关网络信息等。
党风政风监督室。负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作。
信访室。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话、网络举报事项等。
案件监督管理室。负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、信息技术管理、统计分析等职责；统一受理有关单位移送的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交委机关相关部门；统一受理纪检监察机关监督检查、审查调查过程中发现的应由区纪委区监委处置的相关问题线索；统一受理下级纪检监察组织（机构）线索处置和案件查办报告，分送有关部门；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查全区纪检监察系统依纪依法安全办案情况等。
第一至第七纪检监察室。履行依纪依法监督的职责。监督检查联系单位（部门）领导班子及区管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推动全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位（部门）党组织落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促下级纪检监察组织（机构）落实纪检、监察责任，实施问责；向监察对象所在单位（部门）提出监察建议。
履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位（部门）提出监察建议；可以办理下一级监察组织（机构）管辖范围内的监察事项等。
案件审理室。负责审理委机关直接审查调查和区直部门党的组织及乡镇（街道）党的组织、纪检监察组织（机构）报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件等。
机关党总支。负责委机关及区委巡察机构的党群工作。